8 Ağustos 1960'da Burdur'da doğdu. İlkokulu Yeşilova'nın Güney kasabasında, ortaokul ve liseyi

Aydın'ın Nazilli ilçesinde tamamladı.1981 yılında Ege Üniversitesi İletişim Fakültesi'ni birincilikle bitirdi. Gazeteciliğe 1980'de İzmir'in yerel yayın organı Gazete İzmir'de başladı. 1981'de Milliyet Gazetesi İzmir Bürosu, 1985'de Cumhuriyet Gazetesi İzmir Bürosu İstihbarat Şefliği, 1989'da Cumhuriyet Gazetesi Ankara Bürosu Haber Müdürlüğü, 1992'de Cumhuriyet Gazetesi İstanbul Haber Merkezi Müdürlüğü, 1993'de Cumhuriyet Gazetesi'nin Ankara Temsilciliği görevlerinde bulundu. Halen Ankara temsilciliği ve köşe yazarlığı görevini yürütüyor.

Daha önce gazetenin aynı sayfasının aynı yerinde, öldürülen Uğur Mumcu'nun Gözlem başlıklı köşe yazıları yayımlanmaktaydı. Balbay, ART TV'de her Pazar günü saat 11.00 ve 12.00 arasında, Emin Çölaşan ile birlikte Ankara Rüzgarı adlı haftanın olaylarının tartışıldığı bir programı da gerçekleştirmektedir.

Yazar kimliğinin yanı sıra siyaset, güncel konular ve gezi içerikli bir çok kitabı yayımlanmıştır.

1 Temmuz 2008 sabahı, Ergenekon örgütü soruşturması kapsamında İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz'ün talimatıyla Ankara Emniyet Müdürlüğü'nün Terörle Mücadele Şubesi tarafından Cumhuriyet gazetesinin yeni açılmış Ankara bürosu aranmış ve gazetenin Ankara temsilcisi Mustafa Balbay da evinden gözaltına alınmıştır.

Kitapları
- Dönekrasi (1996)
- Turban Kime Kurban (1997)
- Copokrasi (1997)
- Cepokrasi (1998)
- Affedersin La Fontaine (2000)
- Yürüt Ya Kulum Demireller Tarihinde 2. Yahya Vak'ası (2001)
- Güvercin, Kurt, Bir de Arı Ele Geçirince İktidarı (2002)
- Çin'in Uzun Yürüyüşü (2004)
- Ülkelere Değil Savaşa Düşmanım (2004)
- Tarihin Arka Odası: Amerika (2005)
- Yemen Türkler Mezarlığı (2006)
- İran Raporu (2006)
- Afrika'nın Uçlarında (2006)
- Balkanlar (2006)
- Ortadaki Asya Ülkeleri (2006)
- Heyecan Yaşlanmaz (2007)
- Devlet ve İslam (2007)
- Irak Bataklığında Türk-Amerikan İlişkileri (2007)