17 Haziran 1941 tarihinde, Erzurum'da doğdu. Ortaöğrenimini Kuleli Askeri Lisesi'nde yapan Mehmet Şener

Eruygur, 1960 yılında Topçu Subayı olarak Kara Harp Okulu'ndan mezun oldu. 1961 yılında Topçu Okulu'nu bitirerek, 1971'e dek çeşitli topçu birliklerinde Takım ve Batarya Komutanlığı ve Karargah Subaylığı yaptı.

1971'de girdiği Kara Harp Akademisi'nden 1973'de mezun olan Eruygur, 1974 yılında da Atatürk Üniversitesi İşletme Fakültesi'ni bitirdi. 1975 yılında NATO Savunma Koleji'nden mezun olan Mehmet Şener Eruygur, 1976 yılına kadar çeşitli kıt'a ve karargahlarda görev aldı.

Eruygur, 1976'da Bükreş'e giderek burada kara ateşeliği yaptı. 1978'e kadar bu görevi sürdürdü. Daha sonra sırasıyla; 5'inci Kolordu Topçu Grup Komutanlığı ve 105'inci Topçu Alay Komutanlığı, Kara Harp Akademisi Öğretim Üyeliği ve 1'inci Ordu Harekat Başkanlığı görevlerinde bulundu.

1987'de Tuğgeneral olan Eruygur, bunun ardından Millî Savunma Bakanlığı Asker Alma Daire Başkanlığı ve 49'uncu Piyade Tugay Komutanlığı görevlerini yaptı.

M. Şener Eruygur, 1991'de Tümgeneralliğe yükseldi. 1993'e dek sürdürdüğü Millî Savunma Bakanlığı Asker Alma Daire Başkanlığı görevinin ardından, 1993 - 1996 yıllarında Topçu Füze Okulu ve Eğitim Merkez Komutanlığı yaptı.

1996 yılında Korgeneralliğe terfi etti ve sırasıyla 5'inci Kolordu Komutanlığı ve Millî Savunma Bakanlığı Müsteşarlığı görevlerini yürüttü.

4 Ağustos 2000'de Kara Kuvvetleri Kurmay Başkanlığı görevine atanan Eruygur, Yüksek Askeri Şura'nın 31 Temmuz - 3 Ağustos 2002 tarihleri arasında dönemin Türkiye Cumhuriyeti Başbakanı Bülent Ecevit'in başkanlığında yaptığı Ağustos ayı olağan toplantısında alınan kararla Jandarma Genel Komutanı olarak atandı.

Atatürkçü Düşünce Derneği Genel Başkanlığı'na seçilen Eruygur, Cumhuriyet Mitingleri'nde etkin olarak yer aldı.

Emekli orgeneral, eski Jandarma Genel Komutanı ve Atatürkçü Düşünce Derneği genel başkanı Şener Eruygur, 1 Temmuz 2008 sabahı Ergenekon örgütü soruşturması kapsamında İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz'ün talimatıyla Ankara Emniyet Müdürlüğü'nün Terörle Mücadele Şubesi tarafından gözaltına alındı.[1] Eruygur'un, gözaltına alınan diğer kişilerle birlikte İstanbul'a getireceği ya da getirildiği belirtildi. Şener Eruygur'un, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nda sorguya alınması beklenmektedir.

Fransızca ve İngilizce bilen Şener Eruygur, Mukaddes Eruygur ile evli olup, iki çocuk babasıdır.